Na primeira fases, as equipes serão divididas em seis grupos (A, B, C, D, E e F), com equipes jogando em turno e returno dentro do grupo, se classificando para a próxima fase os dois primeiros colocados de cada grupo.
Na segunda fase, as equipes serão divididas em dois grupos (E e F) sendo classificadas de 1° a 12°, mediante índice técnico com os times jogando em dois turnos, semelhante a Série A e B, no primeiro turno os times jogam contra os do outro grupo, em turno único, em confronto direto, no segundo turno os times jogam dentro do próprio grupo, em turno único. Ao final do segundo turno a 1ª colocada de cada está automaticamente classificada para a Série B do Campeonato Carioca de 2014.
Na terceira fase, os times classificadas em 1° jogarão entre si em sistema de ida e volta, sendo considerada campeã a equipe melhor classificada nesses resultados ao final das duas partidas.
Os times que terminarem em 2° e 3° lugar de cada grupo jogarão com os times do outros grupos entre si em sistema de ida e volta, conquistando o acesso a Série B as equipes melhor classificadas nesses resultados ao final das duas partidas.