O sorteio para a composição da eliminatória baseou-se na campanha das equipes na Copa do Mundo anterior.
Equipes posicionadas entre 1 e 5 não precisaram disputar as duas primeiras fases eliminatórias e avançaram direto a fase de grupos. Equipes ranqueadas entre 6 e 43 iniciaram a disputa desde a primeira fase, com as equipes entre 6 e 24 enfrentando as posicionadas entre 25 e 43.
Na primeira fase, as oito equipes classificadas com o pior aproveitamento avançaram a segunda fase. As demais equipes avançaram direto a fase de grupos.
Em 6 de agosto de 2007 foram sorteados os emparelhamentos da primeira fase na sede da AFC em Kuala Lumpur, na Malásia. As partidas realizaram-se durante o mês de outubro de 2007 nos dias 8, 13, 17 e 28, todas datas FIFA.
1Por razões de segurança, o Iraque mandou sua partida em Alepo (Síria), a Palestina jogou em Doha (Qatar) e o Afeganistão jogou como mandante em Dushanbe (Tajiquistão).[3]
Das 19 seleções classificadas da primeira fase, os oito piores colocados no Ranking da FIFA precisaram disputar a segunda fase. Os outros onze times classificaram-se diretamente para a terceira fase.
As cinco equipes mais bem classificadas no ranking da FIFA juntaram-se as outras onze equipes classificadas da primeira fase e as quatro equipes classificadas da segunda fase.
Nessa fase as 20 equipes restantes foram divididas em cinco grupos de quatro equipes cada, de acordo com o sorteio realizado em Durban, na África do Sul, em 25 de novembro de 2007. Definidos os grupos, as equipes se enfrentaram em partidas de ida e volta, classificando-se para a fase final os dois primeiros colocados de cada grupo.
Em 26 de maio de 2008 a FIFA decidiu suspender o Iraque de competições internacionais após a federação de futebol ter sido dissolvida pelo governo local em 20 de maio.[6] A suspensão foi provisória e condicionalmente revogada em 29 de maio.[7]
Nesta última fase, as 10 seleções restantes foram divididas em dois grupos com 5 equipes cada. Os dois mais bem colocados de cada grupo classificaram-se para a Copa do Mundo de 2010. Os terceiros colocados de cada grupo disputaram entre si a vaga na repescagem em dois jogos, valendo o critério do gol fora de casa. O vencedor disputará contra o campeão das eliminatórias da Oceania (Nova Zelândia) uma última vaga no mundial.
As equipes que finalizaram em terceiro lugar em seus grupos na quarta fase disputaram entre si em partidas de ida e volta para definir o representante da Ásia na repescagem final. Os jogos foram disputados nos dias 5 e 9 de setembro de 2009. A ordem dos confrontos foi definida no Congresso da FIFA realizado em 2 de junho de 2009 em Nassau, nas Bahamas.[9]
A equipe classificada como quinto colocado da Ásia enfrentou a Nova Zelândia, vencedor das eliminatórias da Oceania em partidas de ida e volta. O vencedor classificou-se a Copa do Mundo de 2010. As partidas foram disputadas em 10 de outubro e 14 de novembro de 2009. A ordem dos confrontos foi definida no Congresso da FIFA realizado em 2 de junho de 2009 em Nassau[9].