A cidade de Panevėžys tem uma grande história no futebol na Lituânia. Até 2014, a cidade foi representada pelo FK Ekranas, 7 vezes campeão da A Lyga e 5 vezes campeão da Copa da Lituânia. Entretanto, o FK Ekranas não conseguiu alcançar os critérios financeiros para participar da temporada de 2015 e perdeu a elegibilidade para participar da A Lyga. Por fim, o clube declarou falência. Para preencher o espaço deixado, o FK Panevėžys foi fundado no início de 2015, pouco antes do início da temporada.[1] O clube estreou na I Lyga, a segunda divisão nacional, de forma surpreendente, terminando sua temporada na oitava posição.[2] Em 2016, o clube melhorou sua performance e terminou na quinta posição.[3] Em 2017, a cidade de Panevėžys almejou conquistar a I Lyga e ter novamente uma equipe da cidade na A Lyga. Entretanto, o início da temporada foi desastroso, o que resultou na demissão do técnico Virginijus Liubšys. Eventualmente, o clube terminou a temporada na 10º posição. Em 2018, o clube teve mais sucesso na temporada. Com o novo técnico, Alexandru Curteian, o FK Panevėžys venceu a I Lyga e, consequentemente, foi promovido a A Lyga. Em 2019, na sua temporada de estreia, o clube terminou na quinta posição. Em 2020, o clube terminou a temporada novamente na quinta posição. Ainda em 2020, o clube conquistou a copa da Lituânia, após vencer o FK Sūduva nos pênaltis por 5–4.[4][5] Com isso, o clube irá participar pela primeira vez de uma competição europeia, a Liga Conferência Europa.
Nota: Bandeiras indicam equipe nacional, conforme definido pelas regras de elegibilidade da FIFA. Os jogadores podem ter mais de uma nacionalidade não-FIFA.