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O rinoceronte-de-java é um membro da família Rhinocerotidae e uma das cinco espécies de rinocerontes recentes. Ele pertence ao mesmo gênero do rinoceronte-indiano, possuindo muitas características semelhantes. Difere principalmente no tamanho – sendo menor que seu primo indiano – pelas placas dérmicas menos desenvolvidas, e por diferenças craniais e dentárias. Seus cornos são os menores dentre todas as espécies de rinocerontes e, muitas vezes, podem estar ausentes nas fêmeas.
O rinoceronte-de-java é a mais rara das espécies de rinocerontes, com uma população estimada em menos de 100 indivíduos divididos nas duas áreas de ocorrência. A perda do habitat e caça predatória, pelo uso de seu corno na medicina chinesa, foram as principais causas da redução populacional desses animais. E hoje, mesmo protegido nas reservas, ainda corre risco devido à perda da diversidade genética, doenças e pela caça ilegal. Devido aos hábitos solitários, raridade, e por viverem numa área de instabilidade política, cientistas e conservacionistas raramente estudaram este animal em campo, sendo consequentemente a espécie de rinoceronte menos conhecida.