Fundado em 1905, sagrou-se eneacampeão do campeonato regional de Borgonha, antes de ser expulso de sua terra natal devido à Primeira Guerra Mundial. Passou mais de vinte anos sem disputar campeonato importantes, até ingressar na Liga Regional de Borgonha, em 1945-46, que dava acesso às principais divisões nacionais.
Apenas conseguiu ser campeão em 1969-70, ingressando na Terceira Divisão nacional do ano seguinte. Em 1973-74, ascendeu à Segunda Divisão e, seis anos depois, à Primeira Divisão.
Fez boas campanhas nos anos 1980, chegando a conquistar a 3ª colocação em 1983-1984. Nessa época, o investimento pesado nas divisões de base fez efeito, trazendo o tricampeonato da Copa Gambardella, da qual é o atual maior campeão, com sete títulos, o que trouxe reconhecimento ao clube. Depois de mais algumas boas campanhas no começo da década seguinte e de conquistar seu primeiro título nacional, a Copa da França de 1993-94, foi campeão francês em 1995-96, mesmo ano em que conquistou sua segunda Copa da França.
Foi campeão da Copa Intertoto da UEFA em 1997 e conquistou mais dois títulos da Copa da França nos anos 2000 e está consolidado como um clube grande do país.
Hoje o clube se encontra na Ligue 2, fazendo campanhas intermediárias.
- Temporadas na Ligue 1: 30
- Temporadas na Ligue 2: 6
- Melhor posição na liga: 1° (temporada 95/96)
- Pior posição na liga: 15° (temporadas 81/82 e 07/08)
- Maior goleada conseguida:
- Em campeonatos nacionais: Auxerre 8 - 0 Sète (Ligue 2, temporada 76/77)
- Em torneios internacionais: Nea Salamina (Chipre) 1 - 10 Auxerre (Intertoto temporada 97/98)
- Maior goleada sofrida:
- Em campeonatos nacionais: Monaco 7-0 Auxerre (Ligue 1 temporada 81/82)
Lens 7-0 Auxerre (Ligue 1 temporada 05/06)[1]
- Em torneios internacionais: CSKA Moscou 4 - 0 Auxerre (Copa da Europa temporada 04/05).
- Maior artilheiro: Andrzej Szarmach (100 gols)
- Mais jogos disputados: Fabien Cool (467 jogos da Ligue 1)[2]
As tabelas abaixo mostram as performances do clube nas últimas temporadas no Campeonato Francês e na Copa da França
- Campeão.
- Vice-campeão.
- Promovido.
- Rebaixado.
- Campeonato Francês
| Temporada
|
Divisão
|
Posição
|
| 1990-91
|
D1
|
3º
|
| 1991-92
|
D1
|
4º
|
| 1992-93
|
D1
|
6º
|
| 1993-94
|
D1
|
3º
|
| 1994-95
|
D1
|
4º
|
| 1995-96
|
D1
|
1º
|
| 1996-97
|
D1
|
6º
|
| 1997-98
|
D1
|
7º
|
| 1998-99
|
D1
|
14º
|
| 1999-00
|
D1
|
8º
|
| Temporada
|
Divisão
|
Posição
|
| 2000-01
|
D1
|
13º
|
| 2001-02
|
D1
|
3º
|
| 2002-03
|
L1
|
6º
|
| 2003-04
|
L1
|
4º
|
| 2004-05
|
L1
|
8º
|
| 2005-06
|
L1
|
6º
|
| 2006-07
|
L1
|
8º
|
| 2007-08
|
L1
|
15º
|
| 2008-09
|
L1
|
8º
|
| 2009-10
|
L1
|
3º
|
|
- Copa da França
| Temporada
|
Fase alcançada
|
| 1990-91
|
Oitavas
|
| 1991-92
|
16 avos
|
| 1992-93
|
32 avos
|
| 1993-94
|
Final
|
| 1994-95
|
Oitavas
|
| 1995-96
|
Final
|
| 1996-97
|
Oitavas
|
| 1997-98
|
16 avos
|
| 1998-99
|
32 avos
|
| 1999-00
|
32 avos
|
| Temporada
|
Fase alcançada
|
| 2000-01
|
Quartas
|
| 2001-02
|
32 avos
|
| 2002-03
|
Final
|
| 2003-04
|
Oitavas
|
| 2004-05
|
Final
|
| 2005-06
|
16 avos
|
| 2006-07
|
32 avos
|
| 2007-08
|
16 avos
|
| 2008-09
|
32 avos
|
| 2009-10
|
Quartas
|
|
Referências
: Capitão
: Lesão
: Jogadores Emprestados
Donovan Léon
Jubal
Carlen Arcus
Birama Touré
Iyad Mohamed
Hamza Sakhi
M'Baye Niang
Mohamed Ben Fredj
