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Formada a partir da fusão de dois clubes, Club Malherbe Caen e Sports Club Caen, chegou a disputar quatro edições da segunda divisão nacional nos anos 1930, não obtendo sucesso.
Nas três décadas seguintes, permaneceu nas profundezas do futebol francês, competindo apenas em ligas regionais. Em 1970-71, consegue acesso à segunda divisão, na qual lutaria para ficar pelos próximos dezessete anos, até que, em 1987-88, conquista o inédito acesso à elite do futebol da França.
Desde então, vem alternando entre as duas principais divisões, com diversos rebaixamentos e acessos. Nos anos 2000, até agora, tem dois rebaixamentos e três acessos, último conseguido na temporada 2009-10.